藏醫(yī)學理論認為一切疾病的起因有內外兩種因素。內因是隆、赤巴、培根三大因素失調；外因是起居失常，生活不當及環(huán)境變化。疾病種類甚多，但歸納起來可分為熱性和寒性病兩大類。隆病、培根病及慢性病一般屬于寒性病；赤巴病、血病及急性病一般屬于熱性病。因而醫(yī)生診病主方時必須根據(jù)“寒者溫之，熱者寒之“的原則，即寒性病以溫或熱性藥治療，熱性病則以涼或寒性藥治療，這是主要的治病原則。此外，根據(jù)不同情況還有具體原則，如單一病種要用主藥治療；兩種病并發(fā)，要選其主要病治療；大病或重病以藥物治療為主；小病輕病以調養(yǎng)為主，以藥物治療為輔；久病不愈要考慮診斷是否正確，用藥是否有誤等等。
       在治療方法上，分內治和外治。內治以內服藥為主，輔佐以營養(yǎng)。在服用營養(yǎng)藥品時，必須根據(jù)病情輕重，病的性質，選擇相應的滋補藥品或食物，其目的是補虛除弱，扶正祛邪。在外治方面，有放血療法、按摩、擦身、火灸與艾灸、拔罐、敷（熱與冷敷）罨、藥熏、穿刺、藥水浴等多種方法。